在強手如林的空間轉錄體學技術中，誰能脫穎而出大放光彩？

看看紐約基因體中心最新技術評比報告怎麼說

空間轉錄體學 (Spatial transcriptomics) 是一門新興的技術領域，它能夠在組織切片上原位分析多種基因的表達和位置，揭示細胞的空間組織和功能，對於理解細胞的多樣性、相互作用和命運具有重要的價值。

目前已有多種空間轉錄體學技術被開發出來
然而它們之間的性能差異，如靈敏度、專一性以及優缺點等
仍未被充分比較與評估…

有鑑於此，紐約基因體中心 (New York Genome Center) 的科學家 Austin Hartman 和 Rahul Satija 對現有六種商業和學術空間轉錄體學技術—— MERSCOPE、Xenium、Molecular Cartography、MERFISH、STARmap PLUS 和 EEL FISH ——進行了全方位的比較和分析，以作為相關研究領域人員的參考與指引。

他們使用了技術開發者生成的公開小鼠大腦數據集，其展示了各技術的全部能力，以確保研究的客觀性。他們發現，不同技術的分子偽陽性的發生率和來源不同，因此不能用每個細胞檢測到的唯一分子數 (UMI) 來直接比較敏感度。因此，他們探索了分子偽陽性的可能原因，並開發了新的指標來客觀公平地評估和比較不同的空間轉錄體學技術。此外，他們還展示了分子偽陽性如何嚴重影響空間差異表達分析，提醒在解釋下游結果時需要謹慎。

這項研究的主要發現是，MERSCOPE 是一個優秀的空間轉錄體學平台，能夠在高分辨率和高通量的方式下，同時測量單個細胞中數百種 RNA 的表達和位置，並且保有高靈敏度、高專一性。

MERSCOPE 在本研究中的表現如下：

• 最高靈敏度
  這意味著 MERSCOPE 能夠更好地反應細胞內的基因表現，並且能夠測量更多的基因，包括一些低表達的基因，如 G 蛋白偶聯蛋白受體等，這些基因在其他技術中可能會被忽略或檢測不到。
• 低分子偽陽性比率
  這顯示了其高專一性，代表 MERSCOPE 能夠更準確地將分子分配給正確的細胞，並且減少了背景雜訊和非專一性信號的干擾。這對於特定細胞標記物的分子分配和空間差異表達分析是非常重要的，如 Slc17a7（興奮性神經元）和 Gfap（星形膠質細胞）等。

如果您想深入了解這些發現，請點擊這裡閱讀完整論文。您將發現 MERSCOPE 是一種強大的空間轉錄體學平台，能夠在靈敏度和專一性之間取得平衡，勝過其他空間轉錄體學技術。同時，MERSCOPE 適用於各種組織類型，能為空間基因體學研究提供新的視角與發現。更多 「MERSCOPE™ 平台」相關資訊，歡迎洽詢 Vizgen 台灣代理伯森生技。

您可透過下方連結瀏覽更多相關資訊：

• Chen J, et al. Molecular and Spatial Signatures of Mouse Embryonic Endothelial Cells at Single-Cell Resolution. Circ Res. 2024 Feb 13. PMID: 38348657
• Lee BR, et al. Signature morphoelectric properties of diverse GABAergic interneurons in the human neocortex. Science. 2023 Oct 13;382(6667):eadf6484. PMID: 37824669
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